有些軍事試驗基地被TNT炸藥所污染。軍火所產生的污水會污染地面水和地下水。這些被污染的水會呈粉紅色，這是因為水被TNT炸藥和黑索金所污染。這些污染物被稱為“粉紅水“，要清理程序十分困難和昂貴。
人長期暴露于三硝基甲苯會增加患貧血癥和肝功能不正常的機會。注射了或吸入三硝基甲苯的動物亦發現會影響血液和肝臟，脾臟發大和其他有關免疫系統的壞影響。亦有證據證明了TNT炸藥對男性的生殖功能有不良影響，而TNT炸藥也被列為一種可能致癌物。進食TNT炸藥會使尿液變黑。能引起亞急性中毒，慢性中毒。例如引起白內障，中毒性肝炎，還損壞造血系統，疑有致癌性。急性毒性：大鼠經口MLD 700mg/kg，兔經口MLD 500mg/kg，人在>2mg/m3環境中產生不悅感，并引起血液的輕度改變。人經口1mg/kg連續4日，未見血液方面改變。人的急性致死量估計為1-2g。