尚未完全闡明，一般認為和病毒感染有關。證據有：發病前患者常有上呼吸道感染史，發病常隨季節變動、且具有一定的流行性。
患者血中有病毒抗體存在（抗體的效價高度和病期相一致），最常見的是柯薩奇病毒抗體，其次是腺病毒抗體、流感病毒抗體、腮腺炎病毒抗體等。雖然已有報告，從亞急性甲狀腺炎患者的甲狀腺組織中分離出腮腺炎病毒，但亞急性甲狀腺炎的原因是病毒的確實證據尚未找到。
另外，中國人，日本人的亞急性甲狀腺炎與HLA-Bw35有關連，提示對病毒的易感染性具有遺傳因素，但也有患者與上述HLA-Bw35無關。
