1.銅缺乏性脊髓病
其臨床表現可與維生素B12缺乏性亞急性聯合變性十分相似。實驗室檢查主要特點為血清銅、銅藍蛋白降低，可伴有貧血及粒細胞減少。脊髓MRI頸胸髓后索T2高信號。補銅治療后癥狀可能有部分改善，預防性補銅無效。
2.脊髓壓迫癥
病灶常自脊髓一側開始，早期多有神經根刺激癥狀，逐漸出現脊髓半切至橫貫性損害癥狀，表現為截癱或四肢癱，平面較確切的傳導束性感覺障礙，尿便障礙，以及相應節段的肌萎縮。腰椎穿刺可見椎管梗阻，腦脊液蛋白增高，脊髓造影或脊髓MRI檢查可供鑒別。
3.視神經脊髓炎
起病較急，表現為橫貫性或播散性脊髓損傷，病灶以下感覺、運動、括約肌障礙，以及視神經改變，一般不伴有對稱性周圍神經損害，誘發電位、MRI檢查及腦脊液檢查有助于鑒別。
4.周圍神經病
多種原因，特別是營養不良性或合并腫瘤的周圍神經病可表現對稱性四肢遠端感覺及運動障礙，但多不伴貧血及維生素B12缺乏，無脊髓側索及后索損害體征，癥狀體征好轉與惡化通常與維生素B12治療無密切關系。
5.脊髓癆
表現后索及后根受損癥狀，如深感覺消失、感覺性共濟失調、腱反射減弱或消失、肌張力明顯降低，過電樣痛等，但無錐體束征，腦脊液蛋白正常或輕度增高，90%的患者CSF-IgG增高及梅毒血清學檢查陽性。