傷口肉毒癥的致病菌是肉毒梭狀芽胞桿菌。主要致病物為肉毒梭狀芽胞桿菌的外毒素、血細胞凝集毒素和神經毒素。后者干擾外周神經終端乙酰膽堿的釋放,導致骨骼肌麻痹。
污染傷口局部組織的氧化還原電位(EH)降低和局部氧張力低下是傷口肉毒癥的誘發因素。