低聚糖分離純化的方法主要有活性炭柱層析法，酵母發酵法和凝膠柱層析法等。酵母發酵法需先篩選出合適的酵母菌種且要求樣品組分相對簡單。凝膠柱層析分離效果很好，速度快，但所用凝膠成本很高，且上樣量受到很大的限制。相比較而言，活性炭柱層析具有成本低，分離效果好，上樣量大，還同時有脫色脫鹽的效果，非常適合制備單一低聚糖產品。 [1]
低聚甘露糖的生產方法主要包括從天然原料中提取、化學降解及生物降解。前兩種方法的后期處理較為復雜，且借助酸堿水解的化學法成本高且對環境的污染大。生物降解的過程無毒且安全，反應條件溫和，能耗低，節約資源且保護環境，是生產MOS 最理想的方法。而酶法生產低聚甘露糖主要受制于所用的關鍵酶的催化效率較低、酶的生產和使用成本較高，以及底物黏度過大難以實現高濃度的生產。因此，若要實現酶法制備低聚甘露糖的工業化生產，必須在水解KGM 的關鍵酶的研究方面取得突破性進展。