1．治療原則
①保護性隔離患者，減少接觸感染源；
②伴有免疫缺陷的患者，禁止接種活疫苗，以防發生嚴重疫苗性感染；
③一般不做扁桃體切除術和淋巴結切除術，禁忌做脾切除術，免疫抑制類藥物應慎用；
④使用抗生素以清除細菌、真菌感染；
⑤根據免疫缺陷類型給予替代療法或免疫重建。
2．應用免疫制劑
大部分原發性免疫缺陷病患者伴有IgG或其他抗體缺乏，補充Ig是最常見的治療措施。對血清Ig含量低于2.5g/L的患者，應給予人丙種球蛋白靜脈滴注。其他替代治療包括特異性免疫血清，輸白細胞、細胞因子等以提高機體的免疫功能。
3．免疫重建
通過胸腺移植、骨髓移植、造血干細胞移植和胎肝移植，以重建免疫功能，對某些原發性免疫缺陷病可緩解病情，是有效的治愈措施。胎兒胸腺組織移植是將16周以內的胚胎胸腺植于腹膜下或皮下，用于治療細胞免疫缺陷病，尤其是胸腺發育不全癥。胎兒胸腺移植后很快（常在數天內）出現胸腺重建的表現，并持續存在。
干細胞移植包括臍血干細胞移植和外周血干細胞移植。臍血富含造血干細胞，可作為原發性免疫缺陷病患者免疫重建的干細胞重要來源。
骨髓移植包括同種異體同型合子骨髓移植、同種異體半合子骨髓移植和無關供體骨髓移植，應根據患者病情和具體情況選定。
4．基因治療
某些原發性免疫缺陷病為單基因缺陷所致，一些突變位點已經明確，從而為未來基因治療奠定了基礎。將正常的目的基因片段整合到患者干細胞基因組內（基因轉化），被基因轉化的細胞經過有絲分裂，使轉化的基因片段能在患者體內復制而持續存在，并發揮功能。理論上講，凡骨髓移植成功的疾病均是基因治療的指征。