（1）麻醉不充分：在受體眼環鉆前應認真檢查，如發現眼球轉動、眼瞼緊張、眼壓沒有充分降低應積極采取措施，如補充麻醉、眼球加壓按摩或全身用甘露醇等，否則不宜急于手術。如術中發現晶狀體-虹膜隔凸出或玻璃體有脫出傾向，應仔細檢查有無眼球額外加壓的因素，如由于麻醉不充分應補充麻醉后再繼續縫合。
（2）開瞼及眼球固定不良：輪匝肌麻醉不充分及瞼裂過小都可造成開瞼困難，可通過補充麻醉及外眥切開加以解決。上、下直肌固定線應穿過肌肉抵止處后2mm。必要時用固定鑷子抓住內直肌或外直肌抵止處來協助固定眼球。應牢記，必須創造一個寬敞得手的手術野，否則很難成功地完成手術過程。
（3）鉆切操作不當：①位置偏離。克服的方法包括：角膜中心做標志和助手協助監視等。②病變角膜的切除過大或不充分，應在環鉆前用卡尺測量病變范圍的大小，從而選擇直徑合適的環鉆。③捻轉環鉆時造成雙切痕或多切痕，這是接力時環鉆離開原切口所致。因此，環鉆時應一直保持恒定向下的力，使一氣呵成，絕不能鉆幾下就取下環鉆看看是否鉆透。如發生雙切痕或多切痕，則是個難以處理的并發癥。如果情況復雜有造成植床組織缺損的可能，應終止手術，待組織愈合后擇期再次手術。如果尚有彌補可能，選定繼續環鉆的切痕應以最初開始的正確位置為最佳；次之是選擇沒有明顯偏離的較深切痕；最后是以不造成孤島狀的組織游離缺損為原則。尤其在剪除病變角膜片時，如果剪刀誤入不應該進入的、切痕所造成的組織缺損，后果非常嚴重。在切痕重疊干擾視線的情況下尤其要當心這種無法彌補的過失發生。④切口傾斜，多由于環鉆把握不正或用力不均引起。創緣內口對合不良可造成近期內植片水腫、遠期植片后膜增殖或由角膜內皮喪失而引起植片渾濁。⑤內緣不整。是由于剪刀未能保持垂直狀態及反復進出前房造成，遇到這種情況應以纖細的彎剪刀修整后再行植片縫合。
（4）后彈力膜部分或全部殘留：由于穿刺孔小，進剪刀時將其與實質層分離所造成。由于此膜透明度好，容易被忽略。但有經驗者不難發現，因為剪刀前進時有阻力并且剪刀所到之處角膜發生凹陷。一旦發生應切除后再縫合植片。
（5）虹膜-晶狀體隔前凸：常發生于兒童或圓錐角膜眼，主要認為是鞏膜硬度低的緣故。在植片移到植孔以后，應盡快將4針基本縫線縫好，是消除這種并發癥最有效的辦法。周邊虹膜切除有時可奏效。如無晶狀體眼可行前部玻璃體切除。
（6）切口出血：出現在高度血管化的受體角膜。預防辦法：術前給以角膜營養眼液點眼，使血管退行性變或閉塞后再行角膜移植，術中角膜緣血管做輕輕燒灼；術前的激光光凝實踐證明不能奏效。傷口部位的虹膜前粘連血管，可用水下電凝進行燒灼。前房內血塊應加以沖洗清除。最有效的止血方法應是植片與植床傷口的良好密合，為達此目的，應當強調取較大植片為合適。禁止在創緣燒灼止血，這樣會造成組織收縮傷口密合不良而漏水。
（7）晶狀體損傷：術前縮瞳不夠，環鉆用力過猛、淺前房，進入前房的刀尖、剪刀下頁、沖洗針頭都有損傷晶狀體的可能。如前囊損傷較大應立即行囊外摘除，條件允許者應同時進行人工晶狀體植入。如術中未發現晶狀體損傷，術后發生白內障至少要等術后1年以上再行白內障摘除術。
（8）縫合時常遇到的問題：①植片植床組織層次對應不良，只要保證縫線在后彈力膜淺層穿過，即可避免其發生，特別是最初的4針。②創緣內口哆開，所造成的術后并發癥及遠期并發癥如前所述。其主要原因是因為縫線過淺或跨度太小。進針時應保證在后彈力膜水平，在植床側比較容易做到，困難在于植片側。主要是由上皮面入針由創緣面出針，準確性不好把握，操作的關鍵在鑷子的恰當使用及與針持的密切配合上，正確地使用鑷子是既不能將植片過度拉起或反折，又要保證創緣充分暴露于視野，進針點應在鑷子夾持點之后，推針用力弧線應順應縫針的固有弧度，進針時輕松自如是掌握要領的標志。③連續縫合中（或緊線時）縫線斷裂：接線時接頭線結打完以后應先將該結埋入組織，然后再緊其他部位縫線；緊線時應先從接頭部分開始，到最初的打結處，然后從另一方向由接頭部分開始緊到最初打結處，以保證接頭埋在組織內。④誤縫虹膜：多由剪除角膜片時剪刀騷擾虹膜太多，引起虹膜疲軟；后房壓力高，縮瞳不充分，未注意補充氣泡或黏性物質。手術結束充分形成前房時，如發現瞳孔不圓，該處前房仍淺，用恢復器推送不成功者便是誤縫的指征。如為間斷縫合，應拆除該線重新縫合；如為連續縫合，應切斷該部縫線，接頭后再行補縫。⑤內皮損傷：手術任何步驟不加注意都有損傷的可能，但容易被忽視的是縫合后的過度沖洗前房、清除血塊、虹膜整復、前房用濃度不適宜的縮瞳劑等，均應予以重視。⑥玻璃體處理不當：任何原因造成的術中成形玻璃體凸入前房都將給植片帶來威脅，如繼發青光眼、虹膜前粘連，必須妥善處理。可用干棉簽輕輕蘸起前房內玻璃體在虹膜平面加以切除，直到玻璃體在虹膜平面以下。蘸玻璃體時不要過度牽拉，否則容易造成術后視網膜脫離及囊樣黃斑變性。用玻璃體切割器切除玻璃體將更為有效而穩妥。術終前房注入空氣，取平臥位，使玻璃體回位。