（1）白內障：原因：①原有的白內障發展加速；②術中頻繁騷擾晶狀體前囊，過度沖洗；③術后淺前房，低眼壓；④長期大量應用糖皮質激素。預防：術中縮瞳、盡量避免觸碰晶狀體、淺前房應及時處理、合理使用糖皮質激素等。一旦白內障發生，最早在角膜移植術后1年以上再行白內障摘除術。白內障摘除時應用黏彈性物質保護內皮，盡量縮短沖洗皮質操作，避免使用超聲乳化做白內障摘除。
（2）青光眼：術前合并有挫傷性房角損害，廣泛的粘連性角膜白斑；灼傷引起的房角損害，陳舊性色素膜炎；手術后的廣泛虹膜玻璃體前粘連；術后持久的淺前房和長期的虹膜睫狀體炎等可引起青光眼。用藥控制無效者如結膜條件良好，可行外濾過手術。對廣泛灼傷等應行睫狀體冷凍術。為不使眼壓過低或術后反應過重，冷凍手術可分期進行。長期高眼壓可造成植片內皮失代償及視神經損害。
（3）植片血管化：無血管的角膜，在刺激血管生長的病變被切除以后，一般不向植片中心長入血管，而且有些受體血管可以退變。但有些因素可以誘發血管反應，如松動的縫線、接觸鏡、持久的上皮糜爛等。當血管開始越過植床時，應采取積極措施，如拆除縫線或用糖皮質激素加以控制等。
（4）玻璃體粘連：大多數無晶狀體眼的大泡性角膜病變，玻璃體問題構成了主要成因。這是在術中玻璃體前界膜破裂，成形玻璃體嵌夾傷口以后發生機化所致。傷口愈合不良及虹膜慢性炎癥，玻璃體與內皮的直接接觸，持久的炎癥都能使內皮損害，導致植片失敗。早期進行處理可以使植片再度透明，長期耽擱便可造成不可逆轉的損害。周邊前粘連造成繼發青光眼、阻塞瞳孔引起瞳孔阻滯性青光眼。玻璃體索條的牽拉造成視網膜脫離及黃斑囊樣水腫。因此在術中遇到玻璃體問題，應精心處理直到玻璃體完全回到虹膜平面以下。術畢用氣泡將玻璃體推回原位。如同時進行白內障摘除應首選囊外摘除術。
（5）植片后膜（retrograft membrane）：植片后膜形成于后彈力膜后，表現為起始于傷口的部分或環形的半透明增殖膜，內緣不規則，裂隙燈下示后彈力膜增厚不透明。原因：供體植片鉆切不規則或損傷，植片植床對合不良或組織錯位，化學灼傷后的移植，某些感染（如單皰病毒）后的炎癥反應，移植排斥反應等。如果此膜不越過視軸區視力一般保持良好。如需再移植則選擇較大植片，將此膜一并切除。
（6）高度散光：鉆切及縫合兩個環節的影響因素最大。大多數病人術后都有3～4D的散光。如超過6D便需用硬性接觸鏡加以矯正，如仍不能奏效則應在Placedo Discd的指導下，在散光較大的兩個子午線（相隔180°）行松解切開（relaxing incisions）達2～3個鐘點，或在較扁平側行楔形切除（Troutman Wedge resection）。
（7）植片排斥（graft rejection）：是植片失敗的主要原因之一。雖然角膜被認為是免疫赦免器官，但大約有15%發生排斥反應。血管化的植床如化學灼傷發生率可高達65%。局部合理地長期用激素控制可以使低危險的排斥率降低到5%。
低危險因素包括：植床無血管，無以前的角膜移植，無炎癥。中危險因素包括：基質血管化的輕度炎癥，但無以前的角膜移植，如無晶狀體眼的大泡角膜病變及角膜實質炎。高危因素：上皮愈合不佳的炎癥發作眼同時表面或深層有新生血管長入。典型的如復發性單皰病毒角膜炎。另外嚴重血管化的干眼病、嚴重化學灼傷后、角膜血管化都屬于高危險之列。