在第Ⅱ類內含子中大部分開放讀框都具有一個與反轉錄轉座子相關的區域（除核酸內切酶編碼區之外）。這種類型的內含子在低等真核生物和某些細菌中都有發現。反轉錄酶對于內含子來說是特異的，而且和歸巢有關。反轉錄酶以初始mRNA為模板合成內含子的DNA拷貝，通過采用與反轉錄病毒相似的機制使內含子插入到靶位點中。和這種情況有關的此種類型的反轉錄轉座子與失去LTRs的一組反轉錄子是相似的。在靶位點產生缺口，形成的3′-OH對于引發來說是需要的。
第Ⅱ類內含子歸巢的例子與前面介紹的反轉錄轉座子轉座的機制相似，內切酶在靶位點的雙鏈DNA上切一切口，在缺口上產生了3’末端為反轉錄酶提供了引物。內含子RNA為cDNA的合成提供了模板。由于此RNA含有內含子兩側的外顯子的序列，所以此cDNA要比內含子本身長，它能跨越雙鏈切口，結果是使內含子插入到靶位點。