內含子起源有兩種假說。
1．內含子與它所在的基因一樣古老,在裝配第一個這樣的基因時,內含子就已存在。早期的內含子具有自催化、自我復制等能力,因此,它們是原始基因和基因組的組織與復制必不可少的部分。而原核生物和少數低等的真核生物,由于它們需要進行快速的DNA復制從而進行快速的細胞分裂,因而失去了內含子。現代的內含子是一類進化遺跡,它們之所以能繼續存在,是因為具有重新組合基因組中的外顯子以形成新的基因的能力,即內含子能賦予其攜帶者更大的進化潛力。
2．內含子不是基因原有的,而是在進化的某一過程中通過轉座作用插入到連續基因中去的,內含子在較高級的功能基因或在真核生物出現之后才產生。這種假說必須面對一個難題,即內含子最初如何能插入到連續編碼的基因中而保持基因的功能不變。