內含肽序列加上C端外顯肽的第一個氨基酸殘基包含了蛋白剪接的全部信息,甚至可以介導非“原配”的外源蛋白質的剪接。內含肽與上游和下游的外顯肽序列之間幾乎沒有同源性,所以,如果外源目的蛋白替換天然外顯肽,內含肽仍然可以保持剪接活性。但是利用好這一特點對蛋白質人工剪接需要考慮一些影響因素:外源蛋白及剪接位點附近氨基酸殘基的變化、表達宿主的不同以及反應條件(溫度、pH、誘導試劑)的不同。合理地利用這些影響因素可以有效地進行剪接控制。