淀粉制備功能性低聚糖
低聚異麥芽糖制備大致有以下兩種途徑：一是利用糖化酶逆合作用，在高濃度葡萄糖溶液中將之逆合生成異麥芽糖、麥芽糖等低聚糖；但由于產率低，產物復雜，生產周期長等缺點而難以工業化大量推廣。二是以淀粉制得高濃度葡萄糖漿為底物，通過α-葡萄糖轉苷酶催化發生α-葡萄糖基轉移反應而得。工業化生產低聚異麥芽糖一般以淀粉為原料采用全酶法工藝。
蔗糖制備功能性低聚糖
工業生產低聚果糖方法主要有兩種：一是以菊芋為原料提取菊粉，再經酶水解而得。第二種方法是以蔗糖為原料，采用固定化酶法進行連續反應，將高濃度蔗糖溶液在50℃~60℃下以一定速率流過固定化酶柱，利用β-果糖轉移酶進行一系列轉移反應而獲得低聚果糖。該法連續性好、自動化程度高，操作穩定性好，酶能反復使用，利用率高。
乳糖制備功能性低聚糖
乳酮糖制備方法：一般采用堿液處理乳糖異構化。乳糖在堿性溶液中，加熱處理使乳糖分子葡萄糖部分異構化，生成異構化乳糖，然后將溶液用離子交換樹脂去離子、脫色、濃縮，并使未反應乳糖析出沉淀，其上清液即為異構化乳糖糖漿。此外，也可用β-半乳糖苷酶進行酶法異構化制取乳酮糖；或以1：1蔗糖與乳糖為原料，經酶轉化而成乳果糖。
其它原料制備功能性低聚糖
以木聚糖為底物通過內切木聚糖酶水解木聚糖β–1， 4糖苷鍵而得到以木二糖、木三糖為主要組分低聚木糖混合物；可采用超濾和反滲透除去大分子和小分子糖，制取高純度低聚木糖。
大豆低聚糖生產一般以大豆乳清液為原料， 經分離、提純， 精制而得。另一種工藝路線是直接用大豆作原料依次提取大豆油、大豆低聚糖和大豆多肽等。以乳清為原料生產工藝：乳清→加熱→過濾→脫鹽→脫鹽→脫色→濃縮→凈化→產品。