1、一般化驗檢查 細菌性肺炎外周血白細胞計數常升高，中性粒細胞多在80%以上，并伴有核左移，細胞內可見中毒顆粒。老年體弱、酗酒、免疫功能低下者白細胞計數可不增高，但中性粒細胞的百分比仍高。肺炎支原體或肺炎衣原體肺炎白細胞正常或稍高，血沉加快，可有冷凝集試驗陽性。軍團菌肺炎可有肝酶升高、血鈉降低。另外動脈血氧飽和度、動脈血氣分析、肝腎功能、電解質均有助于診斷。
2、胸部影像學檢查 胸X線片或胸部CT顯示兩肺散在斑點狀、小片狀及結節狀浸潤陰影或間質性改變，以兩下肺多見，也可表現為彌漫性小片狀模糊影。隨病情的發展病灶密度可以增高或融合，或形成小空洞。粒細胞缺乏、嚴重脫水患者并發HAP時X線檢查可以陰性,肺孢子菌肺炎有10%～20%患者X線檢查完全正常。
3、病原學檢查 對于病原學檢查，HAP的要求比CAP更嚴格。應遵循以下原則：①除呼吸道標本外常規做血培養2次和胸腔積液（合并胸腔積液時）。②呼吸道分泌物培養尤須重視定量或半定量培養。HAP特別是機械通氣患者的痰標本 （包括下呼吸道標本 ）病原學檢查存在的問題不是假陰性，而是假陽性。培養結果意義的判斷需參考細菌濃度。此外，呼吸道分泌物分離到的表皮葡萄球菌、除奴卡菌外的其他革蘭陽性細菌、除流感嗜血桿菌外的嗜血桿菌屬細菌、微球菌、腸球菌、念珠菌屬和厭氧菌臨床意義不明確。③在免疫損害宿主應重視特殊病原體 （真菌、伊氏肺孢子菌、分支桿菌、病毒 ）的檢查。④為減少上呼吸道菌群污染，在選擇性病例應采用侵襲性下呼吸道防污染采樣技術。⑤在ICU內HAP患者應進行連續性病原學和耐藥性監測，指導臨床治療。⑥不動桿菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、沙雷菌、腸桿菌屬細菌、軍團菌、真菌、流感病毒、呼吸道合胞病毒和結核桿菌可以引起HAP的暴發性發病，尤應注意監測、追溯感染源、制定有效控制措施。 [6]
（1）標本采集和微生物學檢查
1）痰：是最方便和無創傷性病原學診斷標本，但咳痰易遭口咽部細菌污染。依次痰標本質量好壞、送檢及時與否、實驗室質控如何，直接影響細菌的分離率和結果解釋，必須加以規范。痰標本須在抗生素治療前采集標本。囑病人先行漱口，并指導或輔助病人深咳嗽，留取膿性痰送檢。無痰病人檢查分支桿菌和伊氏肺孢子菌可用高滲鹽水霧化吸入導痰。真菌和分支桿菌檢查應收集3次清晨痰標本。采集后應盡快送檢, 不得超過2小時。延遲送檢或待處理標本應置于4℃保存（ 疑為肺炎鏈球菌感染不在此列），保存標本應在24小時內處理。對于通常細菌, 要先將標本進行細胞學篩選，一般認為痰直接涂片光鏡檢查每低倍視野鱗狀上皮細胞25個，或鱗狀上皮細胞:白細胞<1:2.5可作為合格標本。
2）經纖維支氣管鏡（ 纖支鏡） 或人工氣道吸引：纖支鏡插入到病變部位或分泌物較多的支氣管吸引痰液，把標本接種于培養皿后送檢。已建立人工氣道者，可經人工氣道插入纖支鏡，或用吸痰管經人工氣道盲插進入下呼吸道取痰標本送檢。此法受口咽部細菌污染的機會較咳痰為少, 如吸引物細菌培養其濃度≥105cfu/ml可認為是感染病原菌，低于此濃度者則多為污染菌。
3）防污染樣本毛刷（protected specimen brush，PSB）：PSB 是一尼龍刷，外套雙層塑料管，外套管遠端用聚乙二醇封口。PSB 經纖支鏡采樣，也可經人工氣道插入采樣。纖支鏡到達肺炎引流的支氣管腔內后，PSB經纖支鏡插入并超越前端1～2cm，伸出內套管頂去聚乙二醇封口，越過外套管約2cm，隨后將毛刷伸出內套管約2～3cm 刷去分泌物。然后毛刷、內套管順次退回外套管內，最后拔出整個PSB。用乙醇消毒PSB 外套管，以無菌剪刀剪去內外套管頂端部分，然后毛刷前伸，將其剪下置于裝有無菌生理鹽水的試管中，充分搖蕩后把稀釋液送檢培養。如細菌濃度≥103cfu/ml，可認為是感染的病原體。 [7]
4）支氣管肺泡灌洗（ bronchial alveolar lavage,BAL）：行BAL時，把纖支鏡嵌在肺炎部位相應的段或亞段支氣管，注入生理鹽水20 ml，然后吸引灌洗液送檢培養。對已建立人工氣道者，可用防污染導管直接插入下呼吸道行BAL。如細菌濃度≥104cfu/ml,防污染BAL標本細菌濃度≥103cfu/ml，可認為是致病菌。
5）經皮細針吸檢（percutaneous fine -needle aspiration，PFNA）和開胸肺活檢：PFNA是經胸壁皮膚插入22號針到實變的肺組織負壓吸引標本作培養；開胸肺活檢是直接打開胸腔對感染組織進行活檢取標本培養和病理檢查。這兩種方法的敏感性和特異性很好，但由于是創傷性檢查，容易引起并發癥，如氣胸、出血等，臨床一般用于對抗生素經驗性治療無效或其他檢查不能確定者。非十分必須時一般不采用。
6）血和胸腔積液培養：血和胸腔積液培養是簡單易行的肺部感染的病原學診斷方法。標本采集方便、安全、污染機會少、特異性高，但陽性率相對較低，故臨床上常被忽視。肺炎患者血和痰培養分離到相同細菌，可確定為肺炎的病原菌。如僅血培養陽性，但不能用其他原因如腹腔感染、靜脈導管相關性感染解釋菌血癥的，血培養的細菌也可認為是肺炎的病原菌。胸腔積液培養到的細菌則基本可認為是肺炎的致病菌。由于血或胸腔積液標本的采集均經過皮膚，故其結果須排除操作過程中皮膚細菌的污染。 [8]
（2）血清學標本的采集和免疫學診斷：采集間隔2～4周急性期及恢復期的雙份血清標本，主要用于非典型病原體或呼吸道病毒特異性抗體滴度的測定。
1）血清肺炎支原體抗體檢測：顆粒凝集試驗、補體結合試驗（CF）和酶免疫測定法（EIA）；
2）血清肺炎衣原體抗體檢測：微量免疫熒光試驗（MIF）、補體結合試驗（CF）和酶免疫測定法（EIA）；
3）血清嗜肺軍團菌抗體檢測：間接熒光抗體法（IFA）和酶免疫測定法（EIA）；
4）嗜肺軍團菌I型尿抗原檢測：酶聯免疫測定法；
5）血清流感病毒、呼吸道合胞病毒等抗體檢測：補體結合試驗（CF）、酶免疫測定法（EIA）、乳膠凝集實驗（LA）和熒光抗體染色（FA）；
6）肺炎鏈球菌尿抗原檢測（免疫層析法）；
7）血液標本中真菌細胞壁成分曲霉半乳甘露聚糖抗原（GM）和1,3-β-D葡聚糖抗原（G試驗）的檢測，是診斷侵襲性真菌感染的微生物學檢查依據之一，其敏感性和特異性均達到80%以上。GM檢測對診斷侵襲性曲霉感染有臨床意義，可在臨床癥狀和影像學尚未出現前數天表達陽性，對高危患者連續動態檢測（每周2次）具有早期診斷價值。
（3）檢測結果診斷意義的判斷：參見文章CAP部分。
4、組織學診斷 對于分支桿菌、真菌、病毒、肺孢子菌等感染，病理組織學檢查具有診斷意義。肺組織標本可通過經皮針吸或通過活檢槍行肺活檢、經纖支鏡肺活檢、開胸肺活檢、經胸腔鏡肺活檢等方法獲得，標本應至少留取2份，分別送組織病理學檢查和培養。組織病理學檢查是診斷肺真菌病的主要方法之一，肺真菌病的基本病變有化膿性炎癥、非化膿性炎癥、形成肉芽腫（可似結核樣改變）、凝固性壞死和血管炎等，某些真菌病無炎癥反應，這些改變無確診價值，確診需要在病變組織中發現真菌。除了著色真菌有自然色素外，多數真菌在組織中需染色后才能在鏡下可見。蘇木素-伊紅（H-E）法、革蘭染色法、Gridly染色法、姬姆薩染色法、Grocott甲基胺銀（GMS）法和過碘酸錫夫（PAS）染色法等均可用于真菌染色。對于懷疑真菌病的標本，應選取較特異的染色方法，GMS法和PAS法較常用。免疫組化或熒光抗體染色可特異識別個種真菌，主要用于鑒別真菌品種。