1)帶狀皰疹病毒性腦炎：帶狀皰疹病毒可以長期潛伏在脊神經后根以及腦和脊髓的感覺神經節，當機體免疫力低下時，病毒被激活、復制、增殖，沿感覺神經傳到相應皮膚引起皮疹，另一方面沿神經上行傳播，進入中樞神經系統引起腦炎或腦膜炎。本病多見于中老年人，發生腦部癥狀與發疹時間不盡相同，多數在皰疹后數天或數周，亦可在發病之前，也可在無任何皰疹病史。臨床表現包括發熱，頭痛，嘔吐、意識模糊，共濟失調、精神異常及局灶性神經功能缺失征。病變程度相對較輕，預后較好。患者多有胸腰部帶狀皰疹的病史，頭顱CT無出血性壞死的表現，血清及CSF檢出該病毒抗體和病毒核酸陽性，可資鑒別。
2)腸道病毒性腦炎：該類病毒除引起病毒性腦膜炎外，也是病毒性腦炎的常見病因之一。多見于夏秋季，呈流行性或散發性發病。表現為發熱、意識障礙、平衡失調、癲癇發作以及肢體癱瘓等，一般恢復較快，在發病2～3周后癥狀即自然緩解。病程初期的胃腸道癥狀、CSF中PCR檢出病毒核酸可幫助診斷。
3)巨細胞病毒性腦炎：本病臨床少見，常見于免疫缺陷如艾滋病或長期應用免疫抑制劑的患者。臨床呈亞急性或慢性病程，表現意識模糊、記憶力減退、情感障礙、頭痛和局灶性腦損害的癥狀和體征。約25%患者MRI可見彌漫性或局灶性白質異常。CSF正常或有單核細胞增多，蛋白增高。因患者有艾滋病或免疫抑制的病史，體液檢查找到典型的巨細胞，PCR檢測出CSF中該病毒核酸可資鑒別。
4)急性播散性腦脊髓炎：多在感染或疫苗接種后急性發病，表現為腦實質、腦膜、腦干、小腦和脊髓等部位受損的癥狀和體征，故癥狀和體征表現多樣，重癥患者也可有意識障礙和精神癥狀。因病變主要在腦白質，癲癇發作少見。影像學顯示病灶在皮質下白質多發病灶，以腦室周圍多見，分布不均，大小不一，新舊并存，免疫抑制劑治療有效，病毒學和相關抗體檢查陰性。而HSE為腦實質病變，精神癥狀突出，智能障礙較明顯，少數患者可有口唇皰疹史，一般不會出現脊髓損害的體征。