單鏈構象多態性（Single-strand conformation polymorphism，SSCP)分析可以檢測DNA序列之間的不同。SSCP首先由Lee 等[9]用于研究自然微生物群體的多樣性。在低溫條件下，單鏈DNA呈現一種由內部分子相互作用形成的三維構象，它影響了DNA在非變性凝膠中的遷移率。相同長度但不同核苷酸序列的DNA由于在凝膠中的不同遷移率而被分離。遷移率不同的條帶可被銀染或者熒光標記引物檢測，然后用DNA自動測序進行分析。用PCR-SSCP 技術可以進行序列差異的測定，而敏感度會隨著片段長度的增加而降低。但是只要條帶被凝膠電泳分離開就可以進行系統發育的研究。在Schmalenberger 和Tebbe[10]的研究中，測序技術表明一個單鏈也許包括多種序列，電泳條件也會因此影響基因結構的確定進而影響生物多樣性的研究。
