卵巢性閉經的原因在于卵巢，卵巢性激素水平低落，子宮內膜不發生周期性變化而致閉經，卵巢性閉經常見的疾病有：
（一）先天性卵巢發育不全或缺如：此時卵巢未發育或僅呈條索狀無功能，多為原發性閉經，常見的疾病有：
1、性染色體異常
① 最常見的有特納綜合癥
② 核嵌合型如45，XO/46，XY，45，XO/46，XX，45，XO/46，XXX，45，XO/47，XXX等。
2、性染色體正常：如單純卵巢發育不全。
（二）卵巢功能早衰
婦女提早絕經，在40歲以前已絕經者，稱為卵巢功能早衰（簡稱卵巢早衰）。患者表現出繼發性閉經，并伴更年期綜合癥的有關癥狀如面部潮紅、陣熱、多汗、情緒波動等，內外生殖器官及第二性征逐漸萎縮及退化。
（三）卵巢切除或組織被破壞
多由于手術切除雙側卵巢或雙側卵巢經放射治療后，卵巢組織被破壞以致功能喪失，表現為原發或繼發性閉經。嚴重卵巢炎癥也可破壞卵巢組織而致閉經。
（四）卵巢功能性腫瘤
產生雄激素的卵巢腫瘤由于過量的雄激素抑制了丘腦下部－垂體－卵巢軸的功能而致閉經。分泌雌激素的顆粒細胞瘤有時也可引起短暫閉經，是由于腫瘤持續分泌雌激素，抑制了排卵，出現子宮內膜增生過長而導致閉經。