1、中樞神經系統感染
局灶性化膿性感染，如腦膿腫和硬膜下積膿常和厭氧菌感染有關，相反，由厭氧菌引起的硬膜外積膿和腦膜炎卻很少見。
2、敗血癥和心內膜炎
3、呼吸系統感染
常見的有上呼吸道感染和胸腔內感染，并可引發肺炎、肺膿腫、壞死性肺炎等疾病。
4、腹腔內感染
正常腸道內含有大量厭氧菌，腹腔內感染常與腸道菌叢污染有關，因此具有厭氧菌分離率高，常為多種細菌的混合感染等特征。并可引發肝膿腫，膽道感染，闌尾炎，腸道感染等。
5、女性生殖道和盆腔感染
幾乎所有非性傳播造成的女性生殖道感染均包括了厭氧菌感染，常見的致病菌包括消化鏈球菌、普氏菌（尤為二路普氏菌和解糖胨普氏菌）、波費桿菌、梭菌（包括產氣莢膜梭菌）。
6、尿路感染
厭氧菌引起的尿路感染包括尿道炎，尿道周圍炎，尿道周圍蜂窩織炎和膿腫（可伴壞死或形成多發性瘺），尿道球腺炎（包括壞死性和氣腫性），前列腺炎（偶爾呈壞死性并積膿），遷徙性腎臟感染（有敗血癥時常伴積膿），腎周膿腫，腎盂積膿，腹膜后積膿，腎切除傷口感染，腎移植感染，化膿性血栓性腎靜脈炎，膀胱壞疽，會陰膿腫或壞疽，尿路各部位氣性壞疽，睪丸膿腫等。
7、骨和關節感染
厭氧菌性骨髓炎較為少見，厭氧菌性骨髓炎分為放線菌性與非放線菌性兩種，放線菌性骨髓炎主要見于頜骨和脊椎骨，其次尚有肋骨、頭顱骨、長骨、短骨等，可同時伴有其他厭氧菌和需氧菌的混合感染，大多由附近感染（如牙周感染、鼻竇炎、創傷或惡性腫瘤的感染）直接播散所致，感染過程常呈亞急性或慢性，在頦部或頸部有典型硬塊，并有經常流膿并排出“硫黃顆粒”的竇道，多累及較大關節，依次為膝、髖、肘、胸鎖、肩、骶髂等。
8、皮膚和軟組織感染
常有腐臭分泌物，產氣，廣泛組織壞死，并有延伸至皮下組織和筋膜面形成竇道的傾向，多數由需氧菌和厭氧菌協同引起，某些厭氧菌可引起下列特殊的臨床綜合征：①進行性細菌協同感染性壞疽；②協同性壞死性蜂窩織炎；③慢性竇穴狀潰瘍；④壞死性筋膜炎；⑤厭氧鏈球菌性肌炎；⑥梭菌性肌壞死（氣性壞疽）；⑦口腔、面頰部感染。