1、厭氧菌的分離與鑒定
厭氧菌的常規鑒定包括菌落形態、溶血性、色素產生、經紫外線照射有無熒光現象、菌落涂片、染色和鏡檢、生化反應、動力、毒力試驗等；其中糖發酵試驗為基本的生化反應，常規采用試管法，培養基用量大、需時長，目前已發展微量、快速、商品化的鑒定系統。
2、氣相色譜分析
主要包括細菌代謝產物和細胞成分的分析。
（1）厭氧菌代謝產物的氣相色譜分析 厭氧菌的特點之一為代謝過程中產生各種揮發性和非揮發性短鏈脂肪酸以及醇類產物，不同菌屬與菌種所產生的脂肪酸、醇的種類和數量不同，因此可用氣相色譜分析鑒定。
（2）厭氧細胞成分的氣相色譜分析 將細菌細胞皂化釋出脂肪酸，加入甲醇甲基化后進行氣相色譜分析，鑒定結果客觀，重復性好。
3、免疫學檢查及其他
熒光抗體技術（包括直接和間接）能成功地識別各種厭氧菌（如類桿菌、梭菌、梭形桿菌、短棒菌苗等），臨床厭氧菌感染中，致病菌以脆弱類桿菌最為常見。