1、切除
擴創和引流厭氧菌感染常伴有廣泛的組織壞死，必須徹底切除，因壞死組織能降低局部Eh，有利于厭氧菌的繁殖，這是治療厭氧菌感染的先決條件。產氣莢膜桿菌性肌炎（即氣性壞疽）時肌肉廣泛壞死，也必須切除，嚴重的甚至需要截肢。壞死性筋膜炎是較少見的厭氧菌感染，筋膜和皮膚常有廣泛壞死，如不徹底切除，常難以控制感染的擴散而導致死亡。
2、抗生素療法
抗生素必須選擇對厭氧菌敏感的抗生素。厭氧菌對氨基糖甙類抗生素常有抗藥性。大多數厭氧菌，除脆弱類桿菌外，均對青霉素G敏感。林可霉素的抗菌譜與青霉素G相仿，如病人對青霉素過敏時可選用。氯霉素幾乎對所有的厭氧菌包括脆弱類桿菌在內均有效，但缺點是有骨髓抑制的危險性。厭氧菌對四環素、紅霉素和氯霉素的敏感性有差異，且在治療過程中迅速產生抗藥性，氯林可霉素對厭氧菌感染的療效優于林可霉素，但它和林可霉素一樣，有時會引起致命的假膜性結腸炎。在抗菌藥中，療效最好的首推甲硝唑，對所有的厭氧菌包括脆弱類桿菌有效。Sharp等（1977）發現甲硝唑的療效優于氯林可霉素和林可霉素，此藥價格便宜，即使長期使用也無嚴重并發癥。甲硝唑不僅可口服（500mg，每日三次），灌腸（每次1～2g），最近國內已有靜脈制劑，0.5%100ml，靜滴每日2～3次。口服甲硝唑和靜脈滴注甲硝唑在結腸手術前準備中的作用，證明這兩種方法均能有效地降低傷口的感染率。
前已述及，厭氧菌與需氧菌之間伴有協同作用，因此在治療厭氧菌感染時須分別采用對需氧菌和厭氧菌敏感的藥物。頭孢西丁（Cefoxitin）對類桿菌屬有效，但療效不如氯林可霉素、氯霉素或甲硝唑。頭孢孟多是一種新的靜脈用頭孢菌素，抗菌譜較廣，對革蘭氏陽性和革蘭氏陰性的需氧菌和厭氧菌均有效。
第三代頭孢菌素例如頭孢羥羧氧酰胺（Moxalactam）、頭孢哌酮（Cefoperazone）和頭孢噻肟（Cefotaxime）對需氧菌和厭氧菌均有效，對所有的厭氧菌均有較強的殺菌力。
3、高壓氧療法
高壓氧能提高組織的氧張力，抑制厭氧菌的繁殖，這一療法是梭形芽孢桿菌感染治療中的一個重要方面，但對于無芽孢厭氧菌感染究竟有多少價值，不少人表示懷疑。
4、過氧化氫
過氧化氫是治療厭氧菌感染傷口的一種有效藥物，它所釋放的新生氧能殺死厭氧菌。過氧化鋅糊劑則可用于治療某些厭氧菌感染，特別是Meleney潰瘍。