原發綜合征的預后多數是良好，肺內病變即使未及時治療，亦可自行吸收或硬結鈣化。但肺門淋巴結結核如發現及時、合理化療，效果甚佳，可完全吸收消退。如延遲較晚形成干酪樣壞死，療效差，有時需要經手術治療。極少數患者（約2%）由于免疫力低，變態反應性高，進一步惡化可發生全身血播性肺結核及結核性腦膜炎等。原發型肺結核治愈后，仍可殘存少量休眠菌，當免疫力低下時，可內源性復燃而發展成為繼發性肺結核病。
