1974年Shine和Dalgarno首先發現,在mRNA上有核糖體的結合位點,它們是起始密碼子AUG和一段位于AUG上游3~10 bp處的由3~9 bp組成的序列。這段序列富含嘌呤核苷酸,剛好與16S rRNA 3¢;末端的富含嘧啶的序列互補,是核糖體RNA的識別與結合位點。以后將此序列命名為Shine-Dalgarno序列,簡稱SD序列。它與起始密碼子AUG之間的距離是影響mRNA轉錄、翻譯成蛋白的重要因素之一,某些蛋白質與SD序列結合也會影響mRNA與核糖體的結合,從而影響蛋白質的翻譯。另外,真核基因的第二個密碼子必須緊接在ATG之后,才能產生一個完整的蛋白質。