反流性食管炎常與下述疾病相混淆：
1.食管癌
食管鏡檢及X線吞鋇檢查可作鑒別。
2.消化性潰瘍
常呈慢性、節律性、季節性與周期性發作，X線鋇餐及胃鏡檢查在胃或十二指腸球部可見潰瘍病變
3.心絞痛
食管炎的胸骨后疼痛與心絞痛可單獨存在，有時同時存在，均可用硝酸甘油等緩解，鑒別很困難。
4.癔癥球
是指病人主訴喉部有異物感，不能起始吞咽，有堵塞感，臨床檢查未見器質性病變。認為是胃部高位反流造成食管上部刺激所致。有時為少數病人的僅有的癥狀而導致誤診。
