合成肽疫苗能克服常規疫苗的缺點，很早就被認為是動物傳染病預防用的終極疫苗。然而多年的研究結果表明，合成肽疫苗免疫動物后所起的免疫保護作用并沒有象人們當初設想的那樣理想，同時證明了構建的合成肽疫苗的抗原性及其免疫原性要受到其自身組成及宿主免疫系統等多種因素的影響。
在誘導機體產生免疫的過程中，單一的中和抗原表位是遠遠不夠的，增加中和抗原表位的數目和引入細胞抗原表位將起到必不可少的輔助協同作用。若想提高合成肽疫苗的免疫效果，在搞清合成肽疫苗的免疫機理并在如何利用有限的抗原表位誘導強有力的免疫保護作用等方面需要做進一步深入地研究。