吞噬作用的后果隨吞噬細胞所吞噬病原生物的種類、毒力及機體的免疫狀態不同而異。
（1）完全吞噬：指吞噬細胞對病原生物既能吞入又能將其殺死和消化。例如，化膿性球菌等被吞噬后，一般5~10min死亡，30~60min被消化分解。
（2）不完全吞噬：指吞噬細胞對病原生物只能吞入而不能殺死和消化。不完全吞噬可使被吞入的病原生物在吞噬細胞內得到保護，免受機體體液中非特異抗微生物分子、特異抗體或抗生素的作用。有的病原生物甚至能在吞噬細胞內繁殖，導致吞噬細胞死亡，或隨游走的吞噬細胞經淋巴液或血液擴散到機體其他部位，造成廣泛感染。不完全吞噬多見于吞噬細胞對結核分枝桿菌、病毒等細胞內寄生微生物的吞噬。此外，吞噬細胞在吞噬過程中，溶酶體釋放的多種酶在殺菌、消化異物的同時，也能破壞鄰近的正常組織細胞，造成組織的免疫病理損傷。