喉內型氣囊腫與喉囊腫鑒別較困難，但喉囊腫與喉室不通，其體積不隨呼吸改變，壓之不縮小。從喉室突出的喉內型氣囊腫須與喉室脫垂相鑒別。喉室脫垂多為喉室黏膜炎性水腫或肥厚，自喉室脫出。其特點是位置一定在喉室口處，可以器械推送回喉室內且其體積不隨呼吸改變。喉外型氣囊腫必須與鰓裂囊腫、甲狀舌管囊腫、皮樣囊腫等相鑒別。主要鑒別點為喉氣囊腫時大時小，變化較快，用手擠壓可縮小，而其他各種囊腫則無此特點。
