1、一般取下呼吸道分泌物、肺活檢組織或胸前積液等標本進行細菌學檢查。
2、用BCYE培養基分離細菌，再根據肺炎特性、菌落特征、生化反應作出鑒定，但往往結果出現較晚。現已發現嗜肺軍團菌有15個血清型。其中，嗜肺軍團菌血清1型（Lp1）與人類疾病關系最密切，其次為血清4型（Lp4）和6型（Lp6）。關于血清凝集法用的診斷血清方面，推薦天津生物芯片生產的嗜肺軍團菌全套診斷血清產品。
3、可將標本用一只熒光標記抗體進行直接熒光實驗，既特異又可做出快速診斷。
3、可用ELISA、RIA及乳膠凝集等試驗檢測標本中該菌特異性抗原或用PCR技術檢查該菌核酸進行快速診斷。核酸擴增技術，即聚合酶鏈式反應（polymerase chainreaction，PCR），其基本原理是設計、合成兩條寡核苷酸，作為引物，對應于待測病原微生物某一段特異性序列的兩端，然后在體外模擬DNA體內復制的過程反復擴增，使靶序列放大上萬倍甚至上百萬倍而被檢測出來。
1）常規PCR：鑒定標準是通過電泳來判斷是否有擴增的核酸片段以及擴增產物的大小是否正確。
2）實時熒光PCR：通過對實時熒光PCR反應的每一個循環產物進行熒光信號的實時監測來判斷分析。