基因工程菌，是指將目的基因導入細菌體內使其表達，產生所需要的蛋白的細菌。如大腸桿菌。基因工程的核心技術是DNA的重組技術。重組即利用供體生物的遺傳物質或人工合成的基因，經過體外或離體的限制酶切割后與適當的載體連接起來形成重組DNA分子，然后再將重組DNA分子導入到受體細胞或受體生物構建轉基因生物，該種生物就可以按人類事先設計好的藍圖表現出另外一種生物的某種性狀。除DNA重組技術外，基因工程還包括基因的表達技術、基因的突變技術、基因的導入技術等。基因工程菌應具備以下條件：
①發酵產品具有高濃度、高轉化率和高產率；
②菌株能利用常用的碳源，并可進行連續發酵；
③菌株不是致病株，也不產內毒素；
④代謝控制容易進行；
⑤能進行適當的DNA重組，并且穩定。