這個“原則”就是目前尚沒有真正完全清楚的“組蛋白密碼”（Histone Code)。能夠與甲基化組蛋白結合的蛋白質有sir1/2/3/4，這是一組被稱為"Silencing Informative Repressor"的蛋白，其中，Sir2就是上文中的“去乙酰化”酶，而Sir1/3/4則負責與甲基化修飾的組蛋白結合"沉寂”相應的染色質為異染色質。此外，基因沉寂也和DNA的甲基化修飾有關，比如在真核生物基因組中的許多基因的5‘端分布有長約1KB( 千堿基對）的“CpG"島序列（CpG island),其中的“C"芳香環5位可被甲基化修飾，之后，與甲基化修飾的DNA結合蛋白形成“沉寂"區段，使其下游基因不能表達；另外，非編碼的RNA分子（non-coding RNA)也參與“基因沉默”過程。這一類型常見于含有重復DNA序列的染色質區，如著絲粒部位的基因沉寂就需要非編碼RNA分子的參與。簡言之，基因沉寂或者基因沉默是涉及組蛋白甲基化、去乙酰化、乙酰化，DNA的甲基化修飾，甲基化修飾組蛋白結合蛋白Sir2/3/4，甲基化DNA結合蛋白，非編碼RNA等等在內的一系列復雜組分的生理反應過程。基因沉寂導致相應區段內的遺傳信息不能被轉錄。
