（gene defect vaccine） 是用基因工程技術將強毒株毒力相關基因切除構建的活疫苗，該苗安全性好、不易返祖；其免疫接種與強毒感染相似，機體可對病毒的多種抗原產生免疫應答；免疫力堅強，免疫期長，尤其是適于局部接種，誘導產生黏膜免疫力，因而是較理想的疫苗。以有多種基因缺失疫苗問世，例如霍亂孤菌A亞基基因中切除94%的A1基因，保留A2和全部B基因，再與野生菌株同源重組篩選出基因缺失變異株，獲得無毒的活菌苗；將大腸桿菌LT基因的A亞基基因切除，將B亞基基因克隆到帶有粘著菌毛（K88，K99，987P等）大腸桿菌中，制成不產生腸毒素的活菌苗。另外，將某些皰疹病毒的Tk基因
切除，其毒力下降，而且不影響病毒復制并有良好的免疫原性，成為良好的基因缺失苗。