基因結構重排的機制是一種DNA雙鏈斷裂(double-stand break)的修復過程，在等位基因內或等位基因之間，出現了重復單位復雜的轉換式移動( conversional transfer)。
DNA雙鏈斷裂常發生在靠近串聯重復序列的5’端的重復單位內，形成DNA分子的兩個游離的、突出的單鏈末端。但是在修復的過程中，兩末端因擺動或錯位，沒有按照原配對堿基的位置復性，出現了兩種后果。
