基因重組是指一個基因的DNA序列是由兩個或兩個以上的親本DNA組合起來的。基因重組是遺傳的基本現象，病毒、原核生物和真核生物都存在基因重組現象。減數分裂可能發生基因重組。基因重組的特點是雙DNA鏈間進行物質交換。真核生物，重組發生在減數分裂期同源染色體的非姊妹染色單體間，細菌可發生在轉化或轉導過程中，通常稱這類重組為同源重組(homologous recombination)，即只要兩條DNA序列相同或接近，重組可在此序列的任何一點發生。然而在原核生物中，有時基因重組依賴于小范圍的同源序列的聯會，重組只限于該小范圍內，只涉及特定位點的同源區，把這類重組稱作位點專一性重組(site-specific recombination)，此外還有一種重組方式，完全不依賴于序列間的同源性，使一段DNA序列插入另一段中，在形成重組分子時依賴于DNA復制完成重組，稱此類重組為異常重組(illegitimate recombination)，也稱復制性重組(replicative recombination)。