將目的基因仍保留在染色體以外的克隆系統稱為復制型基因克隆系統，以區別整合到染色體上的整合型克隆系統。盡管有大量不同的噬菌體，但所有已知的乳球菌復制型克隆系統都是由質粒構建的。
乳球菌遺傳學研究證明，乳球菌含有數量不等的質粒，多則十幾個。它們當中一些編碼重要的代謝物質，為了分析和克隆這些基因，以及了解它們的命運，應當消除其內源性質粒。盡管有大量的質粒存在于乳球菌中，但許多質粒是隱蔽性的，這就推遲了內源性質粒在載體構建中的應用，同時由于一些相關的革蘭氏陽性菌發展的載體也可在乳球菌中復制，并表達它們的抗性標記。因此，有兩種本質不同的載體可以成功的用于乳球菌，它們分別用外源性的復制子和遺傳背景清楚的乳球菌復制子構成。