多肽類保健食品只需置于陰涼干燥處即可。
對于多肽試劑和多肽類藥物則需要保存在干燥器中。在將它們暴露于空氣之前， 冷凍干燥多肽可以放于室溫。這將是濕度影響減少，當無法冷凍干燥時，最好的方法是以小的工作樣量存放。對于含Cys, Met或者TrP的多肽試劑，脫氧緩沖劑對其溶解必不可少，因為這種多肽試劑易被空氣氧化，在封瓶前，慢慢流過多肽試劑的氮氣或氬氣也會降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽試劑也容易降解，所有這些肽與不含這些有問題解苷的那些肽相比，生命期有限。
多肽具廣泛的溶解性。多肽不溶的主要問題是形成二級結構。除了最太肽外，這點都會發生， 在有多重疏水殘基的肽中更顯著。鹽會促進二級結構形成。我們建議先在無菌蒸餾水或去離子中溶解多肽。如需要增加溶解率， 可用超聲處理。溶解仍有問題， 加少量稀乙酸（10%）或氨水，會便于溶解。
要長期保存多肽試劑，最好冷凍干燥，冷干粉可在-20℃或更低存放幾年而很少或無降解。溶液中的多肽遠不穩定。 多肽易受細菌降解，應用無菌純化水溶解。
含有Met，Cys或Tyr殘基的多肽溶液由于氧化，壽命有限。應溶于無氧溶劑， 為防止重復凍融的破壞， 建議溶解過量的肽的便實驗，其余多肽以固體形成保存。