純大豆異黃酮是無色的晶體物質。染料木黃酮為無色片狀結晶，黃豆苷元為無色針狀結晶。工業上的大豆異黃酮產品為白色或淡黃色粉末。大豆異黃酮與豆制品的苦澀味和收斂性有關，游離型的苷元（尤其是染色木黃酮和黃豆苷元）比其糖苷化合物具有更強的不愉快風味。合成的黃豆苷元的熔點為320-321℃（分解），合成的染料木黃酮的熔點為295-296℃，合成的以及從大豆胚芽中提取的黃豆黃素的熔點為337-339℃。
