應注意與下列疾病加以鑒別。
1.妊娠期單純甲狀腺腫大 尤其孕婦為神經質者，其精神情緒方面的表現與甲亢孕婦極為相似，但脈搏<100次/min，脈壓差<50mmHg(6.7kPa)手心冷，無微小震顫膝反射正常甲狀腺腫大不顯著，無血管震顫感及雜音可聞，無眼神凝視及突眼。實驗室血清檢查各項甲狀腺功能指標均在妊娠期正常值范圍內。
2.亞急性甲狀腺炎
(1)甲亢期：為青春期或高齡孕婦妊娠期最常見的甲狀腺疾病。病人常有新陳代謝亢進的臨床表現，如心悸、怕熱、多汗、精神緊張心急易怒、手抖等甲亢表現。血清TT4、TT3FT4、FT3等均有所升高，因而常誤診而給予ATD治療。但病人常有病毒感染病史、起病急驟、畏寒發熱，最富特征的是甲狀腺腫大疼痛，腫痛可先從一側開始，然后擴大至另一側，繼而累及全甲狀腺，病變腺體質地堅硬、觸痛，在咀嚼、吞咽、轉動頸部或低頭動作時疼痛加重。血沉明顯加速(50～100mm/h)。
(2)緩解期：進入緩解期時甲狀腺腫痛減輕，血清T4、T3濃度下降。
3.橋本(Hashimoto)病 是甲狀腺腫大主要原因之一，常以不明原因心跳、氣短、胸悶、四肢無力為主要癥狀就診。其甲亢期與本病鑒別極為困難。這兩種自身免疫性疾病可同時并存稱Hashitoxicosis。橋本甲狀腺炎的甲狀腺腫較大，質結實，偶有觸痛甲亢期間實驗室血清檢查難以鑒別。可用小針穿刺做細胞學檢查，結果準確可靠且簡單安全。
