如果腫瘤是單發的、瘤體較小、位置表淺且無肝外轉移，手術切除可獲治愈。約超過半數的患者在就診時就已失去了手術治療的機會，而那些能切除者的預后也較差，嬰幼兒肝細胞癌對放療和化療又均不敏感，因此嬰幼兒肝細胞癌預后不良。
對較早期惡性程度較低的胎兒型及混合型，無轉移的嬰幼兒肝細胞癌，手術切除長期生存者15%～37%不等。腫瘤切除后綜合治療，長期存活率有報道可達80%。
高亞等報道29例小兒嬰幼兒肝細胞癌依時間和治療原則不同分為早期（1965～1980年行手術切除）、中期（1980～1991年行手術切除+術后化療）、后期（1991～1995年行術前化療+手術+術后化療）。早、中期總體手術切除率分別為37.5%、30%，總體1年無瘤生存率25%和30%。后期總體切除率62.5%，1年無瘤生存率50%。
資料表明，嬰幼兒肝細胞癌后期生存率提高是由于采用術前化療，使進展期腫瘤切除病例增多；認為加強對Ⅲ、Ⅳ期腫瘤的術前化療，是提高其切除率、改善嬰幼兒肝細胞癌總體預后的關鍵。
