有的時候研究可能需要多個位點的定點突變，比如改造酶的活性或者動力學特性，研究蛋白之間的相互作用位點等，單點突變不能滿足實驗的需要，重復進行單點突變也非常浪費時間。因而Stratagene公司又推出了QuikChange Multi Site-Directed Mutagenesis kit。最多一次實驗可以引入5個定點突變。這個試劑盒的原理和Clontech的相似，就是準備多個帶突變的引物（同方向，對同一單鏈模版），退火后全部突變引物（不超過5個）都結合在同一環狀單鏈模版，PfuTurbo聚合酶延伸，碰到下一個引物就停止，各片斷經連接成環，和單鏈模版組成雜和環，DpnI消化雙鏈模版，也消化雜和環中的模版，只留下新合成的帶多個突變的單鏈環（mutant ssDNA），得以轉化E.coli，形成雙鏈質粒。資料表明，引入3個定點突變的效率為60%，5個定點突變的效率為30%。得到的其他質粒是帶有較少定點突變的質粒，以引入3個定點突變為例，就是有40% 左右的轉化質粒是帶有1—2個不同定點突變的質粒（因為存在1—2個引物結合模版延伸形成單鏈環的可能）。這樣，一次實驗可以得到不同數目突變的質粒，對于研究蛋白質結構和功能的關系也是有用的。