1.X線檢查 鋇劑灌腸與鋇餐是診斷IBD的重要手段之一，尤其氣鋇雙重造影更能顯示黏膜細小病變，提高診斷率。
(1)UC：早期表現可以正常或僅有黏膜皺襞粗大，腸管邊緣模糊。嚴重病例黏膜呈毛刷狀、鋸齒狀改變，可見潰瘍、假息肉，結腸袋消失，腸管僵硬、縮短呈管狀，腸腔狹窄。
(2)CD：早期可正常或僅有黏膜不規則增粗、紊亂、增厚，晚期典型病例可見潰瘍、裂隙、瘺管、鋪路石樣網狀改變，間斷性腸段狹窄伴鄰近腸管擴張或病變腸段間有正常腸段，呈跳躍式分布。
2.內鏡檢查 小兒纖維結腸鏡可以送達回盲部，可觀察全結腸，確定病變部位、范圍、程度，并多部位取組織活檢，提高診斷率。
(1)UC：病變從直腸開始，呈彌漫性分布。黏膜充血水腫，粗糙呈顆粒狀、脆性增高、易出血、潰瘍大小不一、淺、有膿性或膿血性滲出物。慢性炎癥表現為黏膜增生、假息肉、管腔狹窄，病變由結腸遠端向近端連續性發展，或至全結腸。
(2)CD：黏膜充血水腫，不易出血，潰瘍圓形，橢圓形或線形裂隙縱行分布，稱“阿弗他潰瘍”，或鋪路石樣改變，炎性息肉、腸腔狹窄，病變跳躍式分布，病變鄰近組織正常，肛周有裂隙、瘺管。
3.組織病理學改變
(1)UC：所見隨病變活動與緩解不同。活動期黏膜呈炎癥性反應，隱窩變形，淋巴細胞、多核細胞、漿細胞浸潤到固有膜，杯狀細胞減少，隱窩膿腫形成，膿腫破潰形成潰瘍。緩解期見腸上皮增生，腺上皮萎縮。
(2)CD：節段性全壁炎癥，主要組織學特征有兩點：一是裂隙狀潰瘍可深達腹壁漿膜。二是非干酪樣壞死性肉芽腫，內含多核巨細胞和上皮樣細胞，數量少，散在分布，構成欠完整。