本病病變范圍有75%局限在左半結腸和直腸，且以直腸最常見，10%可以倒灌到回腸末端，一般不超過20cm的范圍。所累及的部位發生彌漫性病變。
肉眼所見結腸黏膜充血、水腫、顆粒不平，血管走行模糊。隨著炎癥加重，黏膜彌漫出血，糜爛及潰瘍形成，潰瘍表面有滲出物附著，可有假息肉甚至黏膜橋形成。少數患者可發生腸狹窄、短縮、腸皺襞消失，呈鉛管征。
顯微鏡下觀察結腸黏膜呈非特異性炎癥性改變。在病變活動期，黏膜改變顯著，杯狀細胞減少，腺上皮間中性粒細胞浸潤，陷窩膿腫形成。病變集中在黏膜和黏膜下層，出現廣泛糜爛和形成潰瘍。嚴重者潰瘍深大，可達漿膜層，甚至穿孔。潰瘍修復時上皮再生，纖維組織增生和殘存的島狀黏膜構成假息肉。緩解期黏膜充血、水腫消失，輕者腺管結構可恢復正常。病變持續或反復發作者可出現纖維組織增生，淋巴管擴張，腺管萎縮。有時雖仍有假息肉存在，但并無活動性炎癥。
