1.繼發性的間質性肺疾病
病毒感染如CMV、EBV、腺病毒感染均可導致間質性肺炎，但病毒感染均有感染的癥狀和體征，如發熱、肝脾淋巴結的腫大，及血清病毒學的證據。結締組織疾病也可導致間質性肺炎的表現，但多根據其全身表現如多個臟器受累、關節的癥狀，及自身抗體和ANCA（抗中性粒細胞細胞質抗體）陽性可協助鑒別診斷。
2.組織細胞增生癥
可有咳嗽、呼吸困難、肺部濕性啰音的表現，影像學肺內有彌漫的結節影和囊泡影。但同時多有發熱、肝脾大及皮疹。多根據皮膚活檢見大量的朗漢斯巨細胞確診。
3.閉塞性細支氣管炎
為小兒時期較常見的小氣道阻塞性疾病。多有急性肺損傷的病史，如嚴重的肺炎、重癥的滲出性多形紅斑等，之后持續咳嗽、喘息為主要表現，肺內可聞及喘鳴音。肺高分辨率CT可見馬賽克灌注、過度通氣、支氣管擴張等表現。肺功能為阻塞性的通氣功能障礙。