1.遺傳因素
原發性肥厚型心肌病可呈家族性發病，也可有散發性發病。根據流行病學調查結果，散發者占2/3，有家族史者占1/3，家族性發病的患者中有50%的HCM病因不明確，50%的家族中發現有基因突變，遺傳方式以常染色體顯性遺傳最為常見，約占76%。
2.鈣調節紊亂
肥厚型心肌病患者有鈣調節紊亂，尤其是心肌細胞內鈣濃度升高與心室舒張功能有關。
