不論傳統的長程療法或新出現的短程化療，均要分階段治療，即：
①強化階段。選用強有力的藥物聯合治療，以迅速消滅敏感菌及生長分裂活躍的細菌，并使可能存在的耐藥菌有效地得到傳統化療時強化階段一般為半年，短程化療則為2～3個月。這是化療的關鍵階段。
②鞏固（繼續）階段。目的在于清除持存菌，鞏固治療效果，防止復發。傳統化療一般為半年，甚至4個月。
短程化療是近十余年來出現的新方案。其效果取決于兩個因素，即藥物對生長敏殖旺盛、代謝活躍和結核桿菌不早期殺菌作用，防止耐藥菌發生；藥物對生長敏殖低下、代謝緩慢的結核桿菌（持存菌）有滅菌作用，可防止復發。因此，短程化療的選藥原則為：
①針對分裂活躍代謝旺盛細菌要用殺菌藥中強有力的藥物，如SM、INH、RFP；
②要考慮應用對持存結核菌有效的滅菌藥物，以防止復發，如PZA、RFP和INH；
③抑菌藥如EMB、PAS、ETH、TB1不適于短程化療。
小兒短程化療選藥應考慮以下幾點
①小兒結核病多為新近感染，尤多為血行播散，所以防治腦膜受侵最為重要。首先要選用易透過腦膜進入腦脊液的藥物，如INH、RFP及ETH，而不用EB。
②急性血行播散時最好選用能殺死生長敏殖活躍細菌的藥物，如SM。
③結核性腦膜炎時應考慮應用能注射的抗結核藥物，如SM。
④小兒原發耐INH和SM的結核桿菌感染較成從多見。除根據傳染源治療效果選藥外，應選擇可能敏感的殺菌藥，如RFP及PZA或ETH及EB。
⑤急性結核感染時單核細胞多受累，故應重視使用能進入細胞內的殺菌藥（如PZA）。
⑥結核桿菌繁殖周期為14～22h，所以可每日1次投藥。已證明INH頓服的高峰濃度比日服多次的常規方法的恒定濃度更為重要。所以全日劑量1次頓服，既能提高療效，又可保證執行堅持用藥。
