腎積水主要是由二種疾病造成的：
一、輸尿管阻塞：這是造成腎臟積水常見的疾病，原因就是輸尿管的一小段發生狹窄而引起阻塞，導致腎臟中的尿液不易流至膀胱，停滯在腎臟。通常只要將輸尿管狹窄的一段切除，再重新接起來，讓輸尿管保持通暢，就可以改善腎積水的情形。
二、尿液逆流：在正常的情況下，尿液是從腎臟經由輸尿管到達膀胱，然后排出體外；尿液逆流就是尿液從膀胱倒灌回輸尿管，甚至回流到腎臟的一種不正常現象。此時，腎臟同時會有準備流到膀胱的尿液，以及從膀胱倒流回來的尿液，這個時候腎臟 的水份就會太多，造成腎積水。