本病的病因尚不清楚。
1.可能與病毒感染、毒素、營養缺乏，基因及局部炎癥有關，但在迷走神經和壁內神經叢的電鏡檢查中未能發現病毒顆粒，不支持病毒感染學說。
2.臨床研究發現，精神顧慮可使患兒癥狀加重，考慮是否由于精神刺激引起皮質神經功能障礙，導致中樞及自主神經功能紊亂而發病。
3.近年研究發現HLA DQw抗原與本病密切相關及在病人的血清中發現一種拮抗胃腸道神經的自身抗體，提示本癥有自身免疫因素。
