小腸結腸炎耶爾森氏菌為革蘭氏陰性桿菌或球桿菌，大小為1-3.5×0.5-1.3μm，多單個散在，有時排列成短鏈或成堆。
本菌為革蘭氏陰性桿菌或球桿菌，大小為1-3.5×0.5-1.3μm，多單個散在，有時排列成短鏈或成堆。本菌不形成芽胞，無莢膜，有周鞭毛；但其鞭毛在30℃以下培養條件形成，溫度較高時即喪失，因此表現為30℃以下有動力，而35℃以上則無動力。
本菌生長溫度為30-37℃，但在22-29℃才能使本菌的某些特性出現。4℃時能保存和繁殖。本菌世代時間長，最短亦需40分鐘左右。在SS或麥康凱瓊脂上于25℃經24小時培養，菌落細小，至48小時直徑才增大成0.5-3.0mm。菌落圓整、光滑、濕潤、扁平或稍隆起，透明或半透明；在麥康凱瓊脂上菌落淡黃色，如若微帶紅色，則菌落中心的紅色常稍深。本菌在肉湯中生長呈均勻混濁，一般不形成菌膜。