當發生腦疝時，移位的腦組織在小腦幕裂孔處擠壓腦干，腦干受壓變形或者移位，嚴重時其實質內血管受牽拉，甚至斷裂，造成腦干缺血、水腫和出血；動眼神經受擠壓可產生動眼神經麻痹；同側大腦腳受擠壓造成對側肢體偏癱；移位的腦組織擠壓大腦后動脈造成枕葉皮層梗塞；小腦幕切跡疝擠壓中腦腦池，從而使腦脊液循環通路受阻，進一步加重顱內壓增高，形成惡性循環。
