引物序列在模板內應當沒有相似性較高,尤其是3’端相似性較高的序列,否則容易導致錯誤引發(False priming)。降低引物與模板相似性的一種方法是,引物中四種堿基的分布最好是隨機的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應超過3個連續的G或C,因為這樣會使引物在GC富集序列區錯誤引發。