1.細菌性痢疾
典型菌痢有高熱、腹痛腹瀉、瀉膿血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明顯壓痛，且有腸索，伴明顯里急后重。糞檢有較多白細胞、吞噬細胞。重者常脫水。這都有利于和本病區別。
2.其他細菌所致腹瀉
如鼠傷寒沙門菌、致病性大腸桿菌、耶氏菌、親水氣單胞菌，其他厭氧菌等，單從臨床有時很難鑒別。懷疑時應依靠病原學和血清學來確診。
3.腸道外感染者
須與沙門菌病及布氏菌病鑒別。
