1.Reiter綜合征和銀屑病關節炎
可發生脊柱炎和骶髂關節炎，但脊柱炎一般發生較晚，較輕，椎旁組織鈣化少，韌帶骨贅以非邊緣型為主（纖維環外纖維組織鈣化），在相鄰兩椎體間形成部分性骨橋與強直性脊柱炎的竹節樣脊柱不同。骶髂關節炎一般為單側性或雙側非對稱性，棘突關節病變少見，無普遍性骨質疏松。另外，Reiter綜合征有結膜炎、尿道炎、黏膜皮膚損害，銀屑病關節炎則有皮膚銀屑病損害等可供鑒別。
2.腸病性關節炎
潰瘍性結腸炎、Crohn病、腸原性脂肪代謝障礙（Whippe）都可發生脊柱炎，且腸病性關節病受累關節和X線改變與強直性脊柱炎相似而不易區別，因此需要尋找腸道癥狀和體征，以資鑒別。潰瘍性結腸炎有結腸黏膜潰瘍、水腫及血性腹瀉，Crohn病有腹痛、營養障礙及痿管形成，Whipple病有脂肪瀉，急劇消瘦等。腸病性關節病HLA-B27陽性率低，Crohn病病人腸灌注液IgG增高，而強直性脊柱炎病人腸灌液中IgG基本正常。
3.反應性關節炎
常繼發于身體其他部位感染后出現，一般可以發現感染灶，抗生素有效。
