迄今尚未闡明。Perloff認為，肥厚型心肌病是由于胎兒發育中的心肌對循環中兒茶酚胺反應異常，或胎兒期去甲腎上腺素與心肌受體相互作用的位置不當，造成心肌纖維排列紊亂和不對稱性肥厚。也有人認為與兒茶酚胺分泌過多或心臟對兒茶酚胺過度敏感有關。業已證實，肥厚型心肌病有家族發病傾向，屬常染色體顯性遺傳。可能與組織相容抗原（HLA-A、B）系統有關，而部分散發病例與HLA抗原無聯系。心尖肥厚型心肌病大多數發生在男性。Yamaguchi等認為本病進展緩慢且多在中年才出現典型表現，故可能系多種因素綜合的結果，包括高血壓、劇烈運動、慢性缺氧、酗酒、兒茶酚胺和遺傳等因素長期刺激心肌，導致心肌肥厚。在同一家族中既可表現為心尖肥厚型，也可呈經典的非對稱性室間隔肥厚型心肌病。據統計，本病有1/3～1/2病例無明確的家族史，屬散發性。